徐汇区医保局机关有三个职能科室，下属参公事业单位为徐汇区医疗保险事务中心，职责如下：
（一）综合科
负责局机关日常运转工作，承担会务、文电、机要、档案等工作。负责局政府信息公开、政务公开、新闻宣传工作。负责机关行政、固定资产管理工作。负责局机关和局属事业单位人事工作。负责局机关经费预算和财务管理工作。负责12345市民服务热线办理工作。负责上级转办、交办、督办等信访工作。负责医保规划、医药价格、招标采购、医保数据统计、信息化建设相关工作。负责机关保密和安全保卫工作。
（二）基金监管科
负责建立区域内医保基金安全防控机制，组织开展医保日常监督管理和长期护理保险监督管理工作。负责医保费用支付和预算管理相关工作。负责落实医保定点医药机构协议化管理。监督管理纳入医保范围内的医疗服务行为和医疗费用，规范医保经办业务，依法查处本区域医疗保障领域违法违规行为。
（三）待遇保障科
负责指导城镇居民医疗保险、生育保险相关业务办理工作，协助区行政服务中心做好综合窗口建设。组织落实医疗救助相关工作。落实区域内异地就医管理和费用结算工作。负责长护险政策执行和区域内协调推进相关工作。
（四）徐汇区医保事务中心：
1、贯彻执行国家和本市医疗、工伤、生育保险法规、政策，及日常经办管理事务；
2、受上海市徐汇区医疗保障局局委托，承担本区基本医疗保险监督检查相关工作；
3、负责基本医疗保险（保障）的待遇、个人医疗账户及个人权益记录的相关管理事务；
4、负责基本医疗保险（保障）的基金（资金）的结算、审核、对账，及城镇居民基本医疗保险个人缴费的征缴事务；
5、负责医疗保险定点医疗机构、定点零售药店的协议管理事务；
6、负责协助徐汇区社会保险事业管理中心做好工伤医疗费用医保审核；
7、负责各项医疗保险服务和对街道、镇医疗保险事务服务点的工作指导，开展医疗保险方面的宣传；
8、负责医疗保险信息系统的运行维护与安全管理事务，及结算项目库的相关管理事务；
9、负责医疗保险相关数据的统计分析和医疗保险信息系统的采集、分析和报告；
10、负责医疗保险业务档案管理事务；
11、承办上海市徐汇区医疗保障局、上海市医疗保险事业管理中心交办的其他事项。